QIAGEN phát triển các giải pháp và phần mềm nghiên cứu trên công nghệ NGS đẩy nhanh quá trình nghiên cứu COVID-19

Trang chủ
Tin tức
QIAGEN phát triển các giải pháp và phần mềm nghiên cứu trên công nghệ NGS đẩy nhanh quá trình nghiên cứu COVID-19

QIAGEN phát triển các giải pháp và phần mềm nghiên cứu trên công nghệ NGS đẩy nhanh quá trình nghiên cứu COVID-19

26 Tháng 08, 2020

QIAGEN đã ra mắt QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel để giải trình tự thế hệ mới (NGS) cho bộ gen của nCoV, cùng với workflow diễn giải và phân tích tích hợp để hiểu rõ hơn về sự tiến hóa và sự lây lan của vi rút gây bệnh COVID-19. Các sản phẩm mới là sự mở rộng của việc sử dụng rộng rãi công nghệ mẫu, thiết bị và xét nghiệm chẩn đoán cũng như công cụ nghiên cứu của QIAGEN sử dụng trong nỗ lực toàn cầu nhằm chống lại đại dịch COVID-19.

“Các giải pháp này nhằm mục đích đẩy nhanh nghiên cứu về phòng ngừa và điều trị COVID-19 bằng cách nghiên cứu sâu hơn, toàn diện hơn về đặc tính sinh học của SARS-CoV-2. Càng hiểu rõ về loại coronavirus mới và sự phát triển của nó, thế giới càng được trang bị tốt hơn để ngăn chặn đại dịch,” Thierry Bernard, Giám đốc điều hành của QIAGEN cho biết. “Chúng tôi đang hợp tác với các viện nghiên cứu và các công ty hàng đầu để đẩy nhanh tiến trình nghiên cứu quan trọng này. Panel QIAseq SARS-CoV-2 Primer và pipeline phần mềm mới của chúng tôi sẽ hướng dẫn các nhà nghiên cứu hiểu rõ hơn về dịch tễ học, siêu dịch mã, phản ứng miễn dịch và hướng đi của coronavirus - góp phần vào chiến lược phát triển thuốc và vắc-xin cũng như bảo vệ sức khỏe cộng đồng.”

Panel QIAseq SARS-CoV-2 Primer mới của QIAGEN cung cấp 1 workflow nhanh, được tối ưu hóa để chuẩn bị thư viện cho việc giải trình tự khi các nhà nghiên cứu sử dụng NGS để theo dõi các thay đổi bộ gen của virus trong việc nghiên cứu dịch tễ học của sự bùng phát virus. Quy trình gồm hai bước sử dụng công nghệ QIAseq tiên tiến để tiến hành phiên mã ngược và tổng hợp cDNA từ một mẫu RNA virus, sau đó tạo ra các thư viện tương thích với công nghệ giải trình tự của Illumina. Quy trình làm việc nhanh hơn và có yêu cầu đầu vào thấp hơn so với các giải pháp chụp kết hợp.

Panel được hỗ trợ với các pipeline phần mềm chuyên biệt cho việc phân tích bộ gen SARS-CoV-2 sử dụng QIAGEN CLC Genomics Workbench. Các pipeline được tối ưu hóa và có thể định cấu hình cho phép các nhà nghiên cứu xác định sự biến đổi trình tự bộ gen của virus trên các mẫu và hình dung sự khác biệt của dòng giữa các quần thể và vị trí địa lý bằng cách sử dụng phương pháp tiếp cận phát sinh loài. QIAGEN cũng cung cấp dịch vụ toàn diện SARS-CoV-2 Whole Genome Sequencing bao gồm tất cả các khía cạnh của quy trình làm việc, từ phân lập RNA đến chuẩn bị thư viện NGS và phân tích dữ liệu.

Nghiên cứu độc lập đầu tiên sử dụng workflow mới của QIAGEN, một phân tích về dịch tễ học COVID-19 ở Ấn Độ, đã được xuất bản trên Tạp chí Khoa học Sinh học. Nghiên cứu đã sử dụng QIAamp Viral RNA Mini Kit của QIAGEN để tách chiết RNA. Các nhà nghiên cứu đã sử dụng QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel để khuếch đại bộ gen virus trong các mẫu không tạo đủ để đọc NGS, chuyển đổi RNA thành cDNA sợi đôi và khuếch đại nó, sau đó tạo thư viện để giải trình tự trên thiết bị Illumina. Các trình tự được tổng hợp và phân tích bằng QIAGEN CLC Genomics Workbench. Toàn bộ nghiên cứu có thể được tìm thấy tại https://www.ias.ac.in/article/fulltext/jbsc/045/0076.

“Chúng tôi rất cần thêm nhiều nghiên cứu hơn nữa về sự tiến hóa của loại virus này. Như chúng tôi đã tìm thấy ở miền đông Ấn Độ, các đột biến đang xuất hiện trong bộ gen SARS-CoV-2 có thể điều chỉnh sự lây truyền của virus, hiệu quả sao chép và độc lực ở các khu vực khác nhau trên thế giới.” Tiến sĩ Arindam Maitra, Phó giáo sư tại Viện Quốc gia về gen Y sinh ở Ấn Độ, một trong những tác giả cho biết: “Nghiên cứu bộ gen là việc cần thiết để nâng cao hiểu biết về các mô hình lây truyền, theo dõi sự bùng phát và xây dựng các biện pháp ngăn chặn hiệu quả. “Chúng tôi nhận thấy rằng phương pháp khuếch đại bộ gen virus như QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel là lý tưởng để xem xét số lượng bản sao thấp hoặc mẫu CT cao khi so sánh với các phương pháp khác.”

Là công ty dẫn đầu toàn cầu về các giải pháp NGS để đánh giá vi sinh vật và hệ đo lường, QIAGEN cũng cung cấp quy trình làm việc QIAseq hoàn chỉnh để xúc tiến nghiên cứu siêu dịch mã và giải mã hiệu quả mối tương tác phức tạp giữa virus SARS-CoV-2, vật chủ và hệ vi sinh vật của nó. Một nghiên cứu được công bố gần đây của Shah, S.J., et al. (2020) đã minh họa việc áp dụng công nghệ loại bỏ rRNA QIAseq FastSelect trong việc tạo điều kiện thuận lợi cho siêu phiên mã SARS-CoV-2, dẫn đến đánh giá toàn diện hơn về tỷ lệ đồng nhiễm ở bệnh nhân COVID-19.

Kể từ khi đại dịch COVID-19 bắt đầu, các sản phẩm mới của QIAGEN đều tập trung vào việc xây dựng danh mục các giải pháp toàn diện nhất để kiểm tra COVID-19. Chúng bao gồm tăng cường sản xuất chiết xuất RNA virus để sử dụng trên các nền tảng QIAcube, QIAsymphony và EZ1 của QIAGEN cũng như các công cụ của bên thứ ba; xây dựng một loạt các xét nghiệm PCR trên hệ thống QIAstat-Dx và NeuMoDx cho phép phát hiện COVID-19 trong khi phân tích mẫu đồng thời để tìm các bệnh nhiễm trùng đường hô hấp khác; và cung cấp các giải pháp giải trình tự thế hệ tiếp theo (NGS) phổ quát để sử dụng với bất kỳ trình giải trình tự nào, cụ thể như panel gen QIAseq SARS-CoV-2, được tích hợp với tin sinh học để phân tích vi rút SARS-CoV-2. QIAGEN cũng đang mở rộng công suất sản xuất thuốc thử bán cho những công ty khác trong việc nghiên cứu về test Covid-19 của riêng họ.